• facebook
  • linkedin
  • youtube

Emergence of SARS-CoV-2 B.1.1.7 Lineage-

Iunctus Civitas, December 29, 2020-12 Ianuarii 2021

Summer E. Galloway, PhD 1 ;Prabasaj Paul, PhD 1 ;Duncan R. MacCannell, PhD 2 ;Michael A. Johansson, PhD 1 ;

John T. Brooks, MD 1 ;Adam MacNeil, PhD 1 ;Rachel B. Slayton, PhD 1 ;Suxiang Tong, PhD 1 ;Benjamin J. Silk, PhD 1 ;Gregory L. Armstrong, MD 2 ;

Matthew Biggerstaff, ScD 1 ;Vivien G. Dugan, PhD

Die 15 mensis Ianuarii anno 2021 haec renuntiatio MMWR . missa estDimittis in primo loco MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

Pridie Kalendas Decembres, anno MMXX, Britanniae regnum nuntiavita SARS-CoV-2 varia cura (VOC), genus B.1.1.7;etiam ut VOC 20212/01 vel 20I/501Y.V1.* TheB.1.1.7 variantes mense Septembri processisse existimatur2020 et cito dominatur circulatioSARS-CoV-2 variant in Anglia (1).B.1.1.7 fuitdeprehenduntur in supra 30 regionibus, inter quas Civitates Foederatae Rei Publicae sunt.Asd. 13 ianuarii 2021, circiter 76 b.1.detecta XII US civitatibus.Plures lineae testimonioindicant B.1.1.7 efficacius traducitur quam arealiae variantes Sars-CoV-2 (1-3).Exemplar trajectoriamhaec variantia in US celeri incrementa exhibet ineunte MMXXI,praevalens variant mense Martio.augeriSARS-CoV-2 tradenda imminerent coacta sanitatis curafacultates, extensas et rigidiores exsecutiones exiguntpublicae valetudinis consilia (4), et augere recipismultitudo immunitas requisita ad imperium pandemicum.Captusmodo ad redigendum tradenda nunc potentiale minui potestimpulsum B.1.1.7 ac discrimine tempus crescere vaccina permittittio coverage.Collective, aucta custodia genomiccum continua obsequio effective publicaemensurae sanitatis, etiam vaccinationis, corporis distantiae;uti larvis, manibus, hygiene, et solitario, et quarenteno, willessentialis propagationem limitandi Sars-CoV-2, virusqui coronavirus morbum creat 2019 (COVID-19).Strategicprobatio personarum sine symptomatibus sed in superiori periculolues, qualia sunt exposita Sars-CoV-2 vel qui habentfrequentem contactum cum publico vitari non praebetfecundo limitis facultate vagatur.

Global custodia genomica et celeri fons patentis shartes virales genome sequentia faciliorem reddere circa real-timedeprehensio, comparatio et vestigatio SARS-CoV-2 . evolvendavariantes qui possunt certiorem facere nisus salutem publicam regerepandemus.Sed quaedam mutationes in genome viralisemergere et recedere, alii ad commodum selectivum conferrenttage variantibus, inter auctum transmissibilitatem, uttalis variatio celerius dominari potest aliis variantibus circumiacentibus.

Mane in pandemico, variantes SARS-CoV-2, continentesin D614G mutationem in spiculum (S) interdum quod augeturreceptor binding aviditas cursim dominatur in multisregionum orbis terrarum (5,6).In multam ruinam 2020, multae nationes detectae nuntiaveruntSARS-CoV-2 variantes efficacius diffundentes.Autemad B.1.1.7 variantes notabiles variantes B.1.351genus primum deprehenditur in Africa Australi et nuper identifiedB.1.1.28 subclade (renamed"P.1") Deprehendi quattuor viatoresa Brazil in exercitatione protegendo ad Haneda (Tokyo)aeroportus.§ Hae variantes constellationem muta- tionis geneticae ferunttiones, in S interdum receptaculo dicione ligandi;quae necessaria est ad ligandum ad exercitum cellam angiotensin-convertens enzyme-2 (ACE-2) receptor ad virus facilitateintroitum.Testimonium suggerit alias mutationes in his inventasvariantes non solum augeri sed transmissibilitatem conferre possentetiam afficit effectus alicuius diagnostica real-timecontra transcriptionem-catenae polymerase reactionem (RT-PCR)assayset reducere susceptibilitatem ad curat elementorum(2,3,5-10).A recenti casu fama documenta primi casusSARS-CoV-2 reinfectio in Brasilia cum SARS-CoV-2 variantquae mutationem E484K continebat, quae ostensa estad redigendum neutralization sera et convalescentibus monoclonalelementorum (9,10).

Haec relatio in cessum variant B.1.1.7 spectatin the United States.As 12 Ianuarii 2021, nequeB.1.351 nec variantes P. 1 in the detectae suntMiscellanea.Ad informationem de SARS-CoV-2 . emergentesvariantes sollicitudinis, CDC pagina telae dicata conservatedocendi de SARS-CoV-2 variantibus emergentes.††

 B.1.1.7 genus (20I/501Y.V1)

B.1.1.7 varians mutationem in S interdum(N501Y) quod afficit conformationem receptoris ligandidomicilii.Haec variatio 13 alias habet B.1.1.7 lineas definitiones (Tabulae), quarum variae sunt in S interdum;comprehendo deletionem in locis LXIX et LXX (del69-LXX) quodsponte evolved in aliis variantibus Sars-CoV-2 et ishypothesised ad augendam transmissibilitatem (2,7).deletioapud positiones LXIX et LXX causas S-gene scopum defectum (SGTF)saltem unus RT-PCR-diagnostica secundum primordium (id est, cumThermoFisher Taq Path COVID-19 primordium, B.1.1.7 variformica et aliae variantes cum del69-LXX negativamresult for S-gene target and a positive result for the other twoscuta);SGTF servivit ut procuratorem in Britanniaad cognoscendas causas B.1.1.7 (1).Plures lineae testimoniorum indicant B.1.1.7 plus esseefficaciter traducitur cum aliis SARS-CoV-2variantes in Britannia grassantes.UK regiones cumaltiorem proportio B.1.1.7 sequentia citius habuit pestilentiamincrementum quam alias areas fecerunt, diagnoses cum SGTF aucta suntvelociores quam non-SGTF diagnoses in iisdem locis, et asuperior ratio contactus inficitur index aegriswith B.1.1.7 contagio quam indicem cum aegris infectisaliae variantes (1,3).Variant B.1.1.7 potentia augendi US pandemic trajectoriam in mensibus venturis.Ad cuius rei evidentiam.simplex, exemplar compartmentale duo-varians exculta est.Hodierna US praevalentiae B.1.1.7 inter omnes circulationesvirus ignota est sed putatur <0.5% secundumnumero casuum detectarum et SGTF datarum (8).Forexemplar, principia initialia inclusa a B.1.1.7 prevalenceinter omnes infectiones, immunitas SARS-CoV-2 e 0,5%prior infectio X%-XXX%, tempus-varia generatiuanumerus (R t ) de 1.1vel 0,9 (transmissio decrescentes) pro variantibus currentibus, et in incidentia 60 casuum per 100,000 personarum per diem areported.Haec suppositiones non praecise repraesentantUS locus in aliquo uno, sed indicare generalitatemconditiones communes congue.Mutatio in R t supertempus ex immunitate acquisita et crescente prevatentiam B.1.1.7, imitatus est, cum B.1.1.7 R t assumptoesse constantem 1.5 temporibus R t variantium currentium, innixuminitiales opiniones ex Britannia (1,3).Deinde potentia vaccinationis impulsum imitata estsi I decies vaccini bibitur administrabatur perdiei initium diei 1 Ianuarii 2021, et hoc 95% immunitatemconsecutus est 14 diebus post recepcionem 2 dosibus.Speciatim,immunitas contra infectionem cum variantibus vel currentibus velB.1.1.7 varians assumitur, quamvis efficaciam etdiuturnitas tutelae contra contagionem incerta manet;quia hae non erant primariae terminus de iudiciis clinicisad initial vaccina.In hoc exemplari, B.1.1.7 praevalentia initio humilis est, sed quiatransmissibilius est quam variantes vigentes, exhibetceleri incremento ineunte 2021, praedominans vario factusformica mense Martio (Figura I).Utrum transmissio currentvariantes increscit (R t = initial 1.1) vel tardius decrescentesmense Ianuario B.1.1.7 substantialem mutationem agitin tradenda trajectoria et nova periodo exponentialiincrementum.Cum vaccinatione, quae contra contagionem defendit, inprima pestilentia trajectoriae non mutantur et B.1.1.7 propagationemadhuc occurrit (Figura II).Sed post B.1.1.7 fit thedominant variantes, eius transmissio substantialiter redacta est.Effectus vaccinationis in reducendo tradendo in proximaterminus erat maximus in sem in quo tradenda eratiam decrescentes (initial R t = 0.9) (Figura II).Primo nisus thatpropagationem circumscribere potest variantium B.1.1.7, ut universaliumauxit obsequium valetudinis publicae mitigationis consiliorum;permittet tempus permanentis vaccination ad consequi altioremincolarum planities immunitas.

Discussion

In statu notae differentiae in eventibus clinicis nulla estcum SARS-CoV-2 variantibus descripta;tamenuberiora tradendi ad plures casus ducet, crescendonumerus personarum universalium, quae cura orci eget, exactorbating onus iam coacta sanitatis ratio;et per consequens in pluribus mortibus.Continued genomic custodiaad recognoscendas B.1.1.7 casus, tum cessum aliorumvariantes sollicitudinis in Civitatibus Foederatis Americae, magni momenti est proCOVID-19 publicae salutis responsio.Cum eventus SGTFpotest auxilium identify potentiale B.1.1.7 casibus qui confirmari possuntsequendo, distinguendo prioritatem variantes qui non exhibentSGTF unice nititur in serie-fundatur custodia.

 

 

 

Varia notatio

Primum idem  

Proprie mutationes

(dapibus: mutatio)

No. of current series-casibus confirmatus No. of *

terris cum

sequentia

Locus Date United States Worldwide  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) regnum Unitum Sep 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T;

del3675-3677 SGF

S: del69-70 HV, del144 Y, N501Y;

A570D, D614G, P681H, T761I;

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15,369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Africa Australis Oct 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S:K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brasilia et Iaponia Jan 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L;

K1795Q, del3675-3677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S;

K417T, E484K, N501Y, D614G;

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Abbreviations: del = deletion;E dapibus = involucro;N = nucleocapsid;ORF = lectio aperta pectora;S clavum = interdum.

Experientia in Britannia et exemplaribus B.1.1.7quae in hac relatione illustrant impulsum magis contagiosumvarians habere potest in numero casuum in multitudine hominum.Theaucta transmissibilitas huius variantis magis etiam requiritstrictura coniunctum exsequendum vaccinationem et mitigatio mensurae (eg, distans, masking, et manus hygiene)propagationem regere Sars-CoV-2.Haec eruntefficacius, si citius instituantur, quam posteato slow the initial spread of the B.1.1.7 variant.nisus topara sanitatis ratio ad ulteriores aestus in casibus aredebeatur.Augeri etiam transmissibilitatem significat altioremquam speratam vaccinated coverage est adeptus estmorborum aequalitatem potestatem publicam tuericollata cum variantibus minus transmissibilibus.Collaboratione academica, industria, civitate territoriali;tribus, sociis localibus, CDC et aliis agentibus foederatissunt coordinare et augendae genomic custodia etvirus characterisation nisus per Iunctus Civitas.CDCcoordinatas US sequencing nisus per Sars-CoV-2Sequencing pro Salus Publica Subitis Responsio,Epidemiology, and Surveillance (SPHERES)§§.consortium;quae includit circiter CLXX institutiones participandas et promotas apertas notitias communicantes ad faciliorem usum SARS-CoV-2serie data.Ad inuestigandum SARS-CoV-2 evolutionem viralem, CDC estexsequendam multifaceted custodia genomic intelligerede processibus epidemiologicis, immunologicis et evolutionariisquae formant phylogenias virales (phylodynamica);dux tumultusDisquisitiones;ac facilitate deprehensio et characterizatio possibilium reinfectionum, casus breakthrough vaccini, acemergentes virales variantes.Mense Novembri 2020, CDC statutum estin National Sars-CoV-II Strain Surveillance (NS3) programut meliorem repraesentationem domesticam Sars-CoV-2sequentia.Programma cooperatur cum publico US 64laboratorium sanitatis ad systema custodiae genomicae sustentandum;NS3 etiam collectionem SARS-CoV-2 speciminum construitnd sequentia ad publicam salutem responsionem et scientifica supportinvestigationibus propriis aestimare impulsum circa mutationes onmedicinae countermeasures existentium commendatae.CDC hasetiam contractum cum pluribus magnis commerciis orci laboristories ut cursim serie decem milia Sars-CoV-2-Specimina positiva cuiusque mensis et septem academicos habetinstituta gerere custodia genomic in societatecum publica salute agentia corporalia, ita substantialiter addendoopportune data per annotata genomic disponibilitateCivitates Foederatae Americae.Praeter haec incepta nationalia;multae civitatis et loci publicae salutis agencies sunt sequencing

FIGURA 1. Casus simulatus incidentiae trajectoriae currentis SARS-CoV-2 variantes et variantes B.1.1.7.nulla civitas vaccinatedvel initialis R t = 1.1 (A) vel initialis R t = 0.9 (B) pro variantibus currentibus-United States, January-Aprilis 2021

 

figure 1
figure 2
abbreviations
figure 1

SARS-CoV-2 loci epidemiologiam melius intelligere etresponsio ad pandemiam valetudinem publicam sustinendam.Inventiones in hac relatione subduntur tribus saltem limi .tations.Primo, magnitudo incrementi in transmissibiltatis in Civitatibus Foederatis Americae comparati cum eo quod in thesi observaturBritannia obscurum manet.Secundo, praevalentia animaeB.1.1.7 in Civitatibus Foederatis etiam hoc tempore ignotus est, seddeprehensio variantium et plurium aestimatio meliorum eritcum consectetur US nonummy.Denique loci mitigatio mensurae etiam valde variabiles sunt, ducens variationem inR t .Eventus specifici hic praesentati in simulatione nitunturtionibus et in mitigationibus ultra 1 Ianuarii.Transmissibilitas aucta belli variantis B.1.1.7.rants rigorous exsecutionem sanitatis publicae strategies toreducere transmissionem et impulsum potentialem B.1.1.7 minuere;emebant criticum tempus ad augendam vaccinationem coverage.CDC'S'modeling data ostendunt universalem usum et compli- mentum augeritiam cum diminutione mensurarum et vaccinationum crucial tonumerum novorum casuum et mortes substantialiter reducere in theintrante mense.probatio opportuna personarum sineindicia COVID-19, sed qui periculo augenturcontagio cum SARS-CoV-2, aliam occasionem praebetmodum fecundo propagavit.Collective, auctus genomic surveillancea coniuncta cum obsequio publicae salutis auctusmitigando strategies, vaccinationem possidet, corporis distantiamtes, larvis, manus, hygiene, et solitudo et quarentena;erit essentialis propagationem limitandi Sars-CoV-II andpublicae salutis tuendae.

agnitiones

Sodales Sequencing pro Salus Publica EmergencyResponsio, Epidemiologia et annotata consortium;status et locilaboratorium sanitatis publicae;Societas Health Publica Laboratoria;CDC COVID-19 Response Team;Virus respiratorii germenDivision of Morborum Viralium, CDC.Committee Editores Acta Societatis medicae ad manifestationem potentialispugnas usurarum.Nullae potential contentiones de usuris detectae sunt.

References

1. Salus Publica Angliae.Investigatio novarum SARS-CoV-2 variantium: variantium curarum 202012/01, breves technicae 3. London, United Kingdom: Salus Publica Angliae;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP, et al.Recurrente emergentia et transmissione sars-CoV-2 spicae deletionis ΔH69/V70.bioRxiv [Preprint posted online January 14, 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M, et al.Transmissio SARS-CoV-2 stirpis B.1.1.7 in Anglia: indagatio notitiarum epidemiologicarum et geneticarum coniungens.medRxiv [Preprint posted online January 4, 2021].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, et al.;CDC COVID-19 Response Team.Summarium directionis publicae valetudinis consilia ad altas communicandi gradus communitatis tradendae SARS-CoV-2 et cognatae mortis, Decembris 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860-7.PMID:33301434 https://doi.org/10.15585/mmwr.mm6949e2
5. Volz E, Hill V, McCrone JT, et al.;COG-UK Consortium.Effectus aestimandi SARS-CoV-2 spica mutationis D614G de transmissibilitate et pathogenicitate.Cellam 2021; 184: 64–75.e11.PMID:33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, et al.;Sheffield COVID-19 Genomics Group.Semita mutationes in spica SARS-CoV-2: argumenta D614G augere infectio viri COVID-19.Cellula
2020; 182: 812-27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S, et al.Deletiones naturales in SARS-CoV-2 loiige glycoprotein pellunt anticorpus effugium.bioRxiv [Preprint posted online November 19, 2020].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JT.S exemplaria generum dropout in SARS-CoV-2 probationes propagationem H69del/V70del mutationis in US suggerunt.medRxiv [Preprint posted online December 30, 2020].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, et al.Effugere ab elementorum neutralibus sars-CoV-2 variantibus dapibus.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et al.Comprehensiva tabularum mutationum ad SARS-CoV-2 ditionem receptoris ligandi, quae recognitionem per serum elementorum humanorum polyclonalem afficit.bioRxiv [Preprint missae online January 4, 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Post tempus: Feb-11-2021